Natural de Lourenço Marques, aí iniciou os seus estudos de dança com a professora Lubélia Stichini, tendo, posteriormente, completado a sua formação em Lisboa com Anna Ivanova, no Centro de Estudos de Bailado do Instituto de Alta Cultura, e com Júlia Cross, no Conservatório Nacional.

A sua carreira profissional iniciou-se em 1973, no Grupo de Bailados Verde Gaio, então sob a direcção de Fernando Lima e Margarida de Abreu. Desde o seu início que faz parte da Companhia Nacional de Bailado, onde se tem distinguido especialmente na interpretação de peças de cariz romântico.

Do seu reportório fazem parte entre outros, os bailados Suite Medieval, O Baile dos Cadetes, Serenade, Mesa Verde, Ramificações, bem como obras originais de Armando Jorge, criadas para a CNB: Carmina Burana, Página Esquecida e Evocações. Contudo foi em obras como La Sylphide, Les Sylphides e Giselle, que Isabel Fernandes demonstrou todas as suas qualidades líricas, obtendo os seus maiores sucessos junto do público e da crítica especializada. "... Na Sylphide ela é a ligeireza e a graça personificadas (...). Isabel Fernandes, um nome a reter", in Le Quotidien, Paris, Junho de 1982. Em 1992/93, leccionou na Academia de Dança Contemporânea de Setúbal, onde tem prestado colaboração em vários outros períodos.

Isabel Fernandes tem vindo a exercer funções de Ensaiadora da CNB desde 1993.